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機能別案内板

「案内板」は、インシリコバイオロジー社製品やサービスへの機能別ガイドです。リンクを辿って、各種の詳細な説明ページに案内します。

  • Guide to Comparative Genomics   ( 11 Articles )

    In functions of comparative genomics, more than two closely related genomes are compared.

    • Implemented Software: 
    • Functions:
      • Drawing a Circular Genome Map
      • Multiple Genome Alignment
      • Dot Plot
      • VENN Diagram
      • Global Genome Rearrangement Map
      • Local Genome Rearrangement Map
      • EC Number Corresponding List
      • Metagenome Analysis using 16SrRNA Short Reads
  • Guide to Assembly and Scaffolding   ( 2 Articles )

    ショートリードのde novo AssemblyやScaffoldingを実行します。

    • 実装ソフトウェア名称: IMC GE IMCAEGenomeTraveler
    • 主な機能
      • de novo Assembly
        • in silico Assemblerによる
        • Velvetによる(GTのみで実行可能)
      • Scaffolding
        • GTのみで実行可能
  • Guide to Cloning   ( 2 Articles )

    インシリコクローニング(コンピュータ上でのクローニングシミュレーション実験)を行います。

    • 実装ソフトウェア名称:IMCSE IMC GE IMCAE GenomeTraveler
    • 主な機能
      • 制限酵素処理(制限酵素地図、制限酵素消化断片生成、インサートチェックに最適な制限酵素候補リスト、その他)
      • PCRプライマー設計、
        • 特定のフィーチャー上を避けるプライマー設計
        • 全遺伝子を増幅する一括プライマー設計
        • ゲノム全体をカバーする数千個のPCRプライマー一括設計
        • プライマー管理
      • インシリコPCR: PCRによる複製(注釈含む複製機能)、
      • ライゲーション、セルフライゲーション、塩基断片末端形状適合性チェック
      • プラスミドマップ作成(インサート領域吹出機能) (レイアウトスタイル対応)
      • 注釈を記述したままのクローニング
      • DNA末端への制限酵素認識部位の付加
      • DNA末端平滑化(Blunting)、リン酸化(脱リン酸化)
      • 注釈付き塩基配列の任意領域切り出し
  • 検索機能への案内   ( 2 Articles )

    配列や注釈の検索を行います。

    • 実装ソフトウェア名称:IMCSE IMC GE IMCAEGenomeTraveler
    • 主な機能
      • 配列パターン検索(核酸・アミノ酸)、遺伝子間領域探索
      • キーワード検索
      • フィーチャーキー検索
      • 相同性検索
      • すべてのフィーチャーの塩基配列・アミノ酸配列からデータベースへの検索
      • 検索用データベースの簡単作成
      • 複数ゲノム配列を同時に検索可能

     

  • Guide to Annotation   ( 1 Article )

    Various tools for annotation works are provided in the "Annotation Window".

  • IMC S 代謝パスウェイ解析への案内   ( 1 Article )

    代謝パスウェイ解析機能です。

     

    • 実装ソフトウェア:IMCGE IMCAE  GenomeTraveler
    • 主な機能:

    ARM:


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