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アセンブル・スキャフォールディング機能への案内

ショートリードのde novo AssemblyやScaffoldingを実行します。

  • 実装ソフトウェア名称: IMC GE IMCAEGenomeTraveler
  • 主な機能
    • de novo Assembly
      • in silico Assemblerによる
      • Velvetによる(GTのみで実行可能)
    • Scaffolding
      • GTのみで実行可能

in silico Assemblerの概要

GTのAlignmentViewerに表示したアセンブル結果

  • in silico Assemblerはde novo assemblerです。
  • Windows, Mac, Linux(GTのみ)上で実行できるアセンブラーです。
  • 現在、50bp以上のDNA Fragment (Short Read) をアセンブルできます。
  • アセンブルの速度は、プラットフォームの性能に依存します。
  • 部分アセンブルでは、コンティグの伸長優先およびCoverage優先の設定可能です。
  • アセンブル対象Readを選択できます。
  • in silico Assemblerは単体では実行できません。
  • 相同性解析部分を選択可能です。
  • 実装メモリーサイズに応じて最適化します。
さらに詳しく

次世代シーケンサReadもアセンブルできるde novo アセンブラ

IMCのMain Feature Mapに表示したアセンブル結果

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • キャピラリーシーケンサからの配列だけでなく、次世代シーケンサからのReadもアセンブルできるde novo アセンブラです。
  • アセンブル結果をインポートして直ちにアノテーションに入れます。
  • コンティグ毎のフラグメントアラインメントの様子もフィーチャーマップ上で閲覧することができます。
より詳しく

近日中リリース予定製品

近日中リリース予定機能