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IMC Ver. 7.15リリース

  1. Mutation AnalysisのCSV出力ファイルのフォーマットに項目が追加されました。
    • 変異部位の遺伝子名(gene)とlocus_idが追加されました。

 

IMC Ver. 7.14リリース

  1. 変異検索機能が追加されました。
  • Genome Analysisメニュー → Compare → Mutation Searchで参照配列を選択します。。
  • カレントデータのCDSをクエリーにして参照配列に対してホモロジー検索(blastp)を実行します。
  • 双方向性がチェックされます。
  • トップヒットのCDSの核酸配列でアライメントが実行されます。
  • 変異箇所が検索されます。
  • 結果が表示されます。
  • 結果をクリックすると対象の位置にジャンプします。
  • 検索範囲として、CDSおよびIntergenic regionの区別を選択できます。

IMC Ver. 7.13リリース

  1. フィーチャキーの形状に異なる太さの垂直線が追加されました。
    • 太さは1~5ピクセルです。
    • フィーチャーの中心に描画されます。
    • エクソン、イントロンなどJoinで分かれてる場合は各joinの中心に描画されます
  2. コドン置換機能で、全CDS一括処理の他に指定したCDSのみを処理する機能が追加されました。
  3. 参照ゲノムにfastaファイルまたはCDSを持たないgenbankファイルをロードして、ホモロジー検索を実行するとエラーとなるバグが修正されました。
  4. 環状ゲノム(N,1)をまたぐ配列でプライマーをデザインするとN,1をまたぐ配列を増幅できないプライマーがデザインされるバグが修正されました。
    • デザインされたプライマー自体は問題がありませんでした。
    • デザイン結果の位置設定でバグがありました。
  5. プラスミドマップである条件を満たすとフィーチャーが表示されないバグが修正されました。

IMC Ver. 7.12リリース

  1. Bug #2188: N,1をまたぐフィーチャーの位置情報表示の際、Nより大きい値が表示されるバグが解決されました。
  2. Bug #2189: 指定範囲の右クリックで表示されるメニューが異なる場合がある問題が解決されました。
  3. Spec #2187: 指定範囲を増幅する最適プライマーをすでに登録されたプライマー中から検索する機能が追加されました。
  4. Spec #2190: CDSを特定の制限酵素で切断されないように配列置換する機能が追加されました。
    • 置換するコドンは指定されたコドン頻度表に基づき、使用頻度の高いものを選択する。
    • 置換されたコドンはQualifier /modified_base=に保存する。
  5. Spec #2186: LGRMにて、Multiple CSVファイル出力を自動的に保存するように変更されました。
    • 従来は、解析の最後にダイアログが表示され、保存するかどうかを尋ねられました。
    • 今回修正後は、実行前に保存するかどうかを尋ね、実行時にはその指定に基づき自動的に保存を行い、終了するように変更されました。

IMC Ver. 7.11リリース

  1. Bug #2178: カレント配列指定を解除しても、LGR Mapのミスマッチリストが開いたままになるバグが修正されました。
  2. Bug #2180: 同一階層に類似したディレクトリ名を作成すると配列のコピーやカレントフォルダーの移動ができないバグが修正されました。
    • 例えばc:\seqをルートディレクトリしてその下にE.coliとE.coli.O157というディレクトリを作るとE.coliからE.coli.O157にドラッグ&ドロップで配列をコピーできない。
    • またE.coliをカレントディレクトリとした後にE.coli.O157をカレントディレクトリにできない。
  3. Spec #2174: LGRMのMultiple CSVファイル出力でMainの基準ゲノムとの一致塩基を表示する機能が追加されました。

IMC Ver. 7.10リリース

  1. Primer Feature Positionが1塩基ずれるバグが修正されました。
    • Insert New Feature でマップ上にプライマーをフィーチャーとしてを登録すると、1塩基分ずれて登録されていました。
  2. ディレクトリツリーのファイル名をソートする機能が追加されました。
    • カレントディレクトリ上で右クリック → Sort Filename → 昇順/降順でソートが実行されます。
    • ソートできるのは現在のところカレントディレクトリのみです。

IMC Ver. 7.09リリース

  1. LGRM実行時にエラーとなるバグが修正されました。
    • (N,1)の位置にCDSが存在する場合にエラーとなっていました。
  2. Main Current FolderからReference Current Folderへのコピー時に、すでに同一の配列が存在する場合のメッセージが変更されました。

IMC Ver. 7.08リリース

  1. LGRMの連続実行と実行結果の結合ができるようになりました。
  2. LGRMのアミノ酸配列表示がずれるバグが修正されました。

IMC Ver. 7.07リリース

  1. LGRMの実行時にベースとなるゲノム配列のコピーを生成し、そのコピー上でLGRMが実行されます。このため、LGRMのMismatch Listはコピー側に保持され、従来のように元のゲノム配列を再ロードする時にLGRM Mismatch List Windowが表示されることはなくなりました。
  2. Frame Laneが表示されないバグが修正されました。
  3. DotPlotのXY比率維持ズームがマウスホイールで操作できるようになりました。

IMC Ver. 7.06リリース

  1. Codon Usage Windowから起動することができる「Codon Position List Window」から以下の機能を実行できるようになりました。
    • 選択したコドン位置を新規フィーチャーとして登録できます。このとき、任意のフィーチャーキーを選択できます。
    • 選択したコドンを別のコドンで置換できます(このコドンはフィーチャーとしてあらかじめ登録しておく必要があります)。また、そのフィーチャ―の/note=には、置換前のコドンが記録されています。
  2. Local Genome Rearrangement Map (LGRM)から出力されるCSVファイルにヘッダーが付与されました。
  3. Local Genome Rearrangement Map(LGRM)が処理途中でフリーズしてしまう問題が解決されました。
  4. CDSにイントロンが含まれる時、配列レーンに表示するアミノ酸の表示位置がずれてしまう(第2エクソン以降)問題が解決されました。

IMC Ver. 7.05リリース

  1. Featureのon sequence表示でリバース側の表示位置が1塩基ずれるバグが修正されました。

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