IMCでは制限酵素によるDNAの断片化、PCR増幅、ライゲーション、ゲル電気泳動などの一連のクローニング実験をシミュレートできます。これを「インシリコクローニング」実験と呼んでいます。これらのクローニング実験は環状DNAに対応しています。すなわち、環状ゲノムの任意の部位で継ぎ目なくクローニング実験が可能です。また、この機能はGenomeTravelerにも実装されています。
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