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Home クローニング操作

I10: 相同組換

Functions

 

  1. 両端にゲノム塩基配列に相同なHomology Armを付加した組換断片の塩基配列をそのゲノム塩基配列に相同組換します。
    • 組換断片上のFeatureも挿入されます。

 

Restrictions

Algorithms

 

  • Homology Arm のHomology Score設定

 

Operations

Input File Format

 

  • 組換先ゲノム塩基配列ファイル
    • Current Sequence FolderにLoadし、Current Sequenceとなります。
  • 組換られる塩基配列断片ファイル
    • Current Reference FolderにLoadします。

 

Result Format

 

  • 組換後のゲノム塩基配列ファイル
    • 生成されます。生成後で、Current Sequence FolderにLoadすることができます。

 

Preparations

 

  1. 組み換えられる断片塩基配列の両端にHomology Armを付加しておきます。

 

Operation

 

  1. 組換先ゲノム塩基配列をLoadし、Current Sequenceとします。
  2. メニューからCloning --> Homologous Recombinationを選択します。
    • Homologous Recombination Dialogが表示されます。
  3. Insert Fragment欄をクリックします。
    • Insert Fragmentリストが表示されます。
    • このリストは、Ref FolderにLoadされている配列です。
    • 複数断片を指定すると、同時に複数断片を組み換えることができます。
    • Reverse Complementにチェックすると、その配列のReverse Complementが組み換えられます。
  4. Runをクリックします。
    • 相同組換が実行されます。
    • 組換Fragmentで置き換えられた組換先ゲノム塩基配列ファイル(GenBankフォーマット)が生成されます。
    • 配列ファイル名は、recombination999999999.gbkのようになります。
  5. Loadをクリックします。
    • 組換後のファイルがカレントフォルダーにLoadされ、それがCurrent Sequenceとなります。

 

Tips

Future Enhancement and Improvement

 

  1. Homology Armの自動付加機能
    • ゲノム上の組換対象領域をマウスドラッグで範囲指定し、組換断片を指定すると両側にHomology Armを自動的に付加します。

 

Related Functions

Links

 

  • HP Solution
  • HP Protocol
  • HP Forum

 

Language Selection

English (UK)