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Home 基本操作

配列を読み込み、地図として表示する

ゲノム塩基配列を読み込み、地図として表示する。

IMCで読み込める塩基配列形式

  • 「注釈なし」塩基配列ファイル
    • 塩基配列のみからなるテキストファイル
    • 塩基配列中に数字や空白文字が混在するテキストファイル
    • 塩基配列中の数字は空白文字は無視され、保存すると削除されます。
    • FastA 形式のファイル
    • マルチFastA形式ファイル
    • 圧縮マルチFastA形式ファイル
    • ABI (SCF)形式のシーケンスファイル
    • トレース波形情報も読み込まれます、
  • 「注釈付き」塩基配列ファイル
    • GenBank 形式ファイル
    • Multiple GenBank形式ファイル
    • 圧縮Multiple GenBank形式ファイル
    • DDBJ形式ファイル
    • Multiple DDBJ形式ファイル
    • 圧縮Multiple DDBJ形式ファイル
    • EMBL 形式ファイル
    • Multiple EMBL形式ファイル
    • 圧縮Multiple EMBL形式ファイル

準備と確認

  • 配列形式認識切換ボタンが、N.A.あるいはAUTOとなっていることを確認します。
    • 配列形式認識切換ボタンが、A.A.となっている場合は、N.A.かAUTOに切換えます。
  • このボタンを何度かクリックすることにより、以下の順序で設定が切換わります。
    • N.A. --> A.A. --> AUTO --> N.A.

配列を読み込み、メインフィーチャーマップに配列と注釈を表示する

  • File --> Load Sequence File...を使用します。
  • imcimgF/IMC_5.2.1_C619_0014.png
  • 配列がLoadされると以下のように表示されます。
  • imcimgF/IMC_5.2.1_C619_0015.png

配列をディレクトリから除去する(Remove)方法

  1. 除去する(Removeする)配列の上でマウス右クリックします。
    • メニューが表示されます。
    • imcimgB1/IMC5202_C715_0150.png
  2. Removeを選択します。
    • その配列がリストから除去され、ゴミ箱に格納されます。
    • ロード元の配列は削除されません。

別名での保存方法

  • IMCでは、「注釈なし」のファイルを読込めますが、これらのファイルは通常「注釈付き」の形式で保存されます。
  1. Save as…」ボタンをクリックします。
    • 「Save Sequence File」ダイアログが表示されます。
    • このダイアログ上の「Screen Qualifier(s)」については、スクリーニング機能を参照ください。
  2. 任意のファイル名を指定して、GenBank 形式ファイルあるいはEMBL 形式ファイルとして保存します。
    • ファイルの拡張子を「.gb」あるいは「.gbk」とするとファイルはGenBank 形式で保存され、「.embl」とするとファイルはEMBL 形式で保存されます。

配列をRemoveあるいはIMCを終了する場合の保存確認メッセージ

  • IMCに一旦読み込んだ「注釈なし」塩基配列ファイルは、これらに対し何も編集を加えなくとも、それらをRemoveしたり、IMCを終了しようとしたりすると、保存確認ダイアログが表示されます。

上書き保存方法

  1. 「Save」ボタンをクリックします。
    • 読み込んだファイルが、編集された内容で上書きされます。
    • メインフィーチャーマップで、編集された塩基配列を保存しないでIMCを終了しようとすると、保存するかどうかを聞くダイアログが配列毎に表示されます。保存するか否かを個別に指定します。また、すべての編集済ファイルをIMC終了時に自動的に上書き保存するように設定可能です。
  2. 設定方法: 「Option Setting」 → 「Setup」タブペイン → 「File Save」欄で、「Modifyed files are automatically saved when exiting IMC」にチェックします。

アミノ酸配列の読込、地図表示と保存

  • IMCでは注釈付きあるいは注釈なしアミノ酸配列を読込み、そのフィーチャーをマップに表示することができます。
  • 読み込まれたアミノ酸配列は、対応する核酸配列が生成され、核酸配列を基準としたフィーチャーマップ上に同様に描画されます。

読み込めるアミノ酸ファイル形式

  • IMCに読み込むことができるアミノ酸ファイル形式は以下の通りです。
    • FastA形式
    • GPFF形式
    • Multiple FastA形式
    • Multiple GPFF形式
    • 圧縮FastA形式
    • 圧縮GPFF形式

読込方法

  1. メニューからLoad Sequence File...を選択、あるいはLoad Sequence Fileボタンをクリックします。
    • ファイルが読み込まれ、その配列に対応するアイコンが反応チューブに表示され、アミノ酸配列は逆翻訳された塩基配列上に表示されます。
    • また、アミノ酸フィーチャーもフィーチャーマップ上に表示されます。
    • 配列タイプは自動的に判定されます。
    • まれに、核酸配列コードだけからなるアミノ酸配列を指定した場合は、核酸配列として読み込まれてしまう場合があります。この場合には、Sequence Type CheckメニューあるいはSequence Type CheckボタンのA.A.に設定します。
    • マルチプル形式のアミノ酸配列ファイルを読み込んだ場合には、すべてのエントリーに対応するアイコンが反応チューブ上に表示され、最初のアイコンがハイライトされ、その配列とフィーチャーがメインフィーチャーマップ上に表示されます。

読込時の逆翻訳

  • IMCでは、アミノ酸配列を読み込むと、対応するコドン表に基づき「逆翻訳」を実行し、対応する核酸配列を生成します。
  • 内部的には、注釈付きの核酸配列として保存され、ファイル書出しも注釈付き核酸配列として書き出しが行われます。
  • 使用されるコドン表は、オプション設定で変更することができます。

ファイル保存

  • 現在IMCでは、アミノ酸配列ファイルを読み込んだ場合には、そのままアミノ酸配列ファイルとして保存することはできません。ファイル保存を実行すると、逆翻訳された注釈付き核酸配列ファイルとして保存されます。

ゲノム塩基配列を多重ゲノムビューアMGV(別名:参照ゲノムマップ)に表示する

  1. 「Load Sequences to MGV...」を使用します。
    • imcimgF/IMC_5.2.1_C619_0017.png
    • 上記で指定された配列ファイルは、カレントディレクトリのカレント配列フォルダー下のREFサブフォルダーに保存されます。同時にカレントディレクトリツリー上に新規ノードが作成され、配列名と塩基数が表示されます。
    • imcimgF/IMC_5.2.1_C619_0021.png

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