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ABI SOLiDのカラースペース(CSFastA)で記述された配列ファイルを参照ゲノムにマッピングする

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ABI SOLiDのカラースペース(CSFastA)で記述された配列ファイルを参照ゲノムにマッピングします。

使用するデータ

  1. 次世代シーケンサSOLiDから出力されたショートリード(CSFastAフォーマット)ファイル
  2. 上記ショートリードが由来するゲノム塩基配列(DDBJ, EMBL, GenBank, FastAフォーマット)ファイル

使用するソフトウェア

  1. GenomeTraveler

操作概要

  1. GenomeTravelerを起動します。
  2. New Projectボタンをクリックして、Mapping Projectを新規登録し、ゲノム塩基配列ファイルを指定します(複数染色体別に異なる複数ファイル可)。
  3. Auto Mapping ボタンをクリックします。
  4. Auto Mappingダイアログが表示されるので、登録したプロジェクトを選択し、また今回マッピング対象とする参照ゲノムの配列を指定します(複数染色体を同時に指定可能)。
  5. SOLiDのCSFastAファイルが格納されているディレクトリ・フォルダーを指定します。
  6. Mappingボタンをクリックします。
  7. Mappingパラメータ設定ダイアログが表示されるので、必要ならパラメータを変更します。
  8. Setボタンをクリックして、実行を開始します。
  9. 処理が終了するまで、そのままにします。
  10. 処理が終了したら、結果を閲覧します。

 

Language Selection

Japanese(JP)