in silico biology, inc.
Bioinformatics Company in Yokohama and Sapporo
インシリコバイオロジー製品
2010年 11月 21日(日曜日) 14:30 | 最終更新 2017年 11月 29日(水曜日) 11:24 | | 
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このページでは、インシリコバイオロジー社が開発および販売しているバイオサイエンスソフトウェアサービスの概要を紹介します。インシリコバイオロジー社では、バイオサイエンス分野のソフトウェアをより多くの研究者・学生の方々に利用していただくために、高機能で使いやすく、廉価なバイオサイエンスソフトウェアを開発・販売しています。
インシリコバイオロジー社のバイオソフトウェア
インシリコバイオロジー株式会社では、核酸（アミノ酸）配列解析を基本とした、分子生物学の広い分野をカバーする研究・教育向けソフトウェアを自社開発しています。インシリコバイオロジーのバイオサイエンスソフトウェアは利用者からの意見や要望を最大限取り入れて開発されており、かつ非常に短いサイクルで更新されています。
これらのソフトウェアの使用ライセンスには、使用する機器（PCあるいはMac）を自由にライセンス移動できる浮動（ドングル）ライセンスとライセンスが機器に固定される機器固定ライセンスの2種があります
インシリコバイオロジー社開発製品
（次世代シーケンサデータ解析・アノテーションソフトウェア）
（分子生物学・配列解析ソフトウェア）
- インシリコモレキュラークローニング シリーズ
- スタンダード版
- ゲノミクス版
- アレイ版
- ゲノムデザイン版（開発中）
（シーケンンシング・マッピング支援ソフトウェア）
- メタゲノムギャンブラー シリーズ
- 販売終了 → 機能はGenomeTravelerに引継がれました。
- ライト版
- プロフェッショナル版
（配列ダウンロードソフトウェア）
- スパイダー シリーズ
- タクシースパイダー: IMCにバンドルされました。
- ゲノムスパイダー（アイスパイダー）： IMCにバンドルされました。
大学で開発された製品
（高速比較ゲノムソフトウェア）
- GenomeMatcher （高速比較ゲノムソフトウェア）
（微生物・植物二次代謝物質データベース）
- MetaboliteDB/Finder （微生物・植物二次代謝物質データベース）
輸入製品
（超高速Blast検索ソフトウェア）
- SLIM Search シリーズ （超高速Blast検索ソフトウェア） 販売停止中
製品別詳細
販売開始日：2010年3月28日
短い塩基配列を大量かつ高速に決定できる新型DNAシーケンサが急速に普及し、研究利用開始されつつあり、リシーケンシングやマッピングのみならず、新型シーケンサ配列のDeNovoアセンブルも実用化されています。
- この新型シーケンサは、より大きな応用分野をもつと期待されており、エピゲノム解析や、各種変異解析への重要な手段となりえます。
- 数千万の配列データを可視化します。
- 参照ゲノムへのマッピング結果を、染色体全体の鳥瞰図から、塩基配列までズームインできます。
- 参照ゲノム配列上のすべての既存のフィーチャーを、マッピングされたShort Readsと並行して閲覧することができます。
- さらに、大型真核生物ゲノムへの対応として全ゲノム、全染色体間をスムーズにナビゲートする機能を実装しました。
- IN/DELを検出する方法についても、3種の方法を用意しています。
- 現在は、すでに稼働しているRoche/454 GS FLX, ABI SOLiD, illumina GAの3種の新型シーケンサ配列データに対応しています。
インシリコモレキュラークローニング シリーズ（スタンダード版、ゲノミクス版、アレイ版）
開発アドバイザー：
奈良科学技術大学院大学：小笠原直毅教授、金谷重彦教授、東京工業大学の黒川顕教授の協力の下に開発されています。
販売開始日：2005年4月1日
IMCは、クローニング実験の操作をコンピュータ上で実行できるところに大きな特徴があります。クローニング機能には、制限酵素消化、PCRプライマー設計、PCR増幅、ライゲーションなどの基本実験が含まれています。この実行には、特殊なデータは不要で、GenBankやEMBLなどの公的なデータベースから入手できる塩基配列データをそのままクローニングすることが可能です。クローニングの際に、制限酵素消化断片やPCR産物の末端形状（粘着末端、平滑末端など）は正確に保持され、同一形状で相補的配列をもつ断片同士のライゲーションのみ、有効にすることができます。Primer情報は塩基配列上に貼り付けられ保存されるため、Primerの管理にも有用です。
相同性検索（NCBI Blast）が簡単に実行できるように工夫されています。全ゲノムの注釈付き塩基配列ファイルを読み込むだけで、全CDSのBlastデータベースが自動的に生成され、フィーチャーをクリックするだけで、相同性検索を実行し、結果はグラフィカルに表示され、遺伝子同士のアラインメント表示も可能です。その他、配列パターン検索、キーワード検索、フィーチャーキー検索、EC番号検索などがあります。すべての操作はマウスドラッグアンドクリップおよび数多くのツールボタンを使い、簡単に目的の機能を使うことができるようになっています。
ABI/SCF形式のシーケンンシングデータはそのままゲノムDNA上にマッピングでき、トレース波形とのアラインメントも表示することができます。
cDNAの塩基配列ファイルは、ゲノム配列上にマッピングすると、エクソンとイントロンを区別してフィーチャーとして登録します。
アノテーション専用ウィンドウから、既存の注釈や相同性検索結果、塩基配列（アミノ酸）配列を見ながら、簡単な操作でアノテーションを実行できます。バッチホモロジー検索機能を使用すると、指定された領域に存在するフィーチャーすべてをクエリーにした相同性検索を連続的に実行し、検索結果を自動的に注釈として転記することができます。
スタンダード版には、クローニング機能はもちろん、相同性検索やパターン検索機能、アノテーション機能など分子生物学研究用の基本機能が含まれています。
ゲノミクス版には、スタンダード版の機能に加えて、グラフィカルな結果表示を備えた比較ゲノム解析機能が追加されています。
ドットプロットや、多重環状ゲノムマップ、ゲノムリアレンジメントマップ、ベン図などの描画印刷（PDF, PNG, EMFが可能です。
アレイ版では、タイリングアレイの実験結果を既存の注釈と並列に表示する機能に優れています。ゲノミクス版の機能を全て含み、その上にタイリングアレイ解析機能を追加しています。
ライセンス方式
IMCの使用ライセンスには、使用する機器（PCあるいはMac）を自由にライセンス移動できる浮動（ドングル）ライセンスとライセンスが機器に固定される固定ライセンスの2種があります。
メタゲノムギャンブラー シリーズ（ライト版、プロ版）
開発アドバイザー
メタゲノムギャンブラーは、海洋研究開発機能（高見ディレクター）の協力の下に開発され、奈良科学技術大学院大学：小笠原直毅教授、金谷重彦教授、東京工業大学の黒川顕教授のアドバイスを受けています。インシリコアセンブラーは、九州大学久原哲教授の協力の下に開発されています。
販売開始日：2005年10月11日
微生物ゲノムシーケンシングプロジェクトで使用されています。別売のインシリコアセンブラーと併せて、数多くの機能を提供しています。
従来型のシーケンサからの生データをはじめとして、これまでに配列決定された様々なフォーマットの配列データを混在させて、アセンブルおよび配列解析を実行できます。配列の品質管理にもグラフィカルな機能が用意されています。アセンブル結果は、アセンブルに参加した各フラグメントの塩基のアラインメント表示を、アラインメントビューア・エディターで閲覧や編集ができます。さらに、フラグメントビューアではコンティグの全体的あるいは局所的な結合状態をみることができ、またフラグメント同士の重なり具合などのグラフィカルに表示されます。
ライト版には、上記の基本機能が含まれています。
プロフェッショナル版には、次世代シーケンサー（454, Solexa, SOLId）からの配列データを既知の参照ゲノム上にマッピングしたり、リシーケンシングするための機能も搭載されています。参照ゲノム配列とのマッピングの冗長度もヒストグラムが作成され、これはIMCにエキスポートすることで、既知の注釈やアレイ発現プロファイルと並べて閲覧することも可能です。さらに、クラスタリング機能が付加されています。
MGGの使用ライセンスには、使用する機器（PCあるいはMac）を自由にライセンス移動できる浮動（ドングル）ライセンスとライセンスが機器に固定される固定ライセンスの2種があります。
インシリコアセンブラーは、低価格のアセンブルソフトウェアです。次世代シーケンサーデータのマッピング、リシーケンシングの機能が備わっています。
インシリコアセンブラーは、メタゲノムギャンブラーから呼び出すインターフェイス形式（バンドル）でのみ提供されており、単独で操作するインターフェイスは用意されていません。
スパイダー シリーズ（タクシースパイダー、アイスパイダー）
販売開始日：2007年12月1日
膨大な量の生物配列データが蓄積されつつあり、解析に使用する塩基配列やアミノ酸配列の入手が次第に難しくなってきています。目的の配列データを得るためには、しばしば変更されるデータ提供サイトの使い方に精通している必要がありますが、日常的にこれらのデータを使っている人以外には、時間おかかる作業となっています。また、大量にかつ頻繁に更新されるデータを常にローカルな環境に保存するにも、煩雑な作業が要求されています。インシリコバイオロジーのスパイダーシリーズは、これらの面倒な作業をサポートするために、このスパイダーシリーズを開発・販売しています。
タクシースパイダーは、IMCの利用者からの強い要望で開発された簡単な操作で求める延期配列やアミノ酸配列がNCBIのデータベースからダウンロードできる、配列ダウンロードソフトウェアです。常に最新のTaxonomy Tree情報を格納しており、それを利用して、生物の系統分類をたどることにより、その生物種・株に対して現在登録され、ダウンロード可能となっている塩基配列やアミノ酸配列のリストを表示します。そのリストから欲しい配列をクリックするだけで目的の配列をダウンロードできます。さらに、この配列ファイルをIMC（別売）を起動することにより、遺伝子地図などを表示することが可能です。
使用ライセンスには、使用する機器（PCあるいはMac）を自由にライセンス移動できる浮動（ドングル）ライセンスとライセンスが機器に固定される固定ライセンスの2種があります。
アイスパイダーは、定期的に更新されるGenBankやEMBLなどのデータベースから特定のデータを定期的にダウンロードし、指定の場所に格納するためのツールです。
使用ライセンスは、使用するコンピュータに固定される機器固定ライセンスのみです。
大学開発のバイオソフトウェア
大学等で開発されたバイオソフトウェアなどの販売や技術サポートを行っています。
開発者：東北大学生命科学研究科
販売開始日：2008年5月1日
GenomeMatcherは2つのDNA配列を比較するためのツールです。このソフトウエアを使うことでいわゆるドットプロットを簡単に得ることが出来ます。ドットプロット上の任意部位をマウスで選択して再解析できること、注釈情報を参照しながら比較作業が出来ること、塩基レベルでの比較が出来ること、独自注釈情報を入力できること、など利用性を重視して作られています。またテキストとして出力される結果の多くは表計算シートにペーストすることを前提に作られています。出力される画像はベクトル形式での書き出しが可能ですのでプレゼンテーション用の資料作成にも向いています。
販売開始日：2007年3月19日
奈良先端科学技術大学院大学金谷教授の研究成果であるKNApSAcKを基に、開発された代謝物質データベースです。
植物・バクテリアなど生物種別の二次代謝物質（フラボノイド、テルペノイド、アルカロイド、など）データベースです。
Metabolite DB
- 生物種別に、二次代謝物質の多様性プロファイルを予想します。
- 代謝物質の構造式を表示できます。
- 毎月約１，０００エントリーが追加登録されています。
- 検索用ソフトウェア Metabolite Finderがあります。
Metabolite Finderの特徴
- 生物種名、物質名、分子量、分子式でMetaboliteの検索可
- MSスペクトルプロファイルから予想される代謝物質をリスト
輸入バイオソフトウェア
海外などで開発されたユニークなバイオソフトウェアの販売や技術サポートを行っています。
Slim Searchシリーズ（アカデミック版、プロフェッショナル版、エンタープライズ版）（現在販売中止：次期Version開発中）
開発者 ：Slim Search, Ltd.
高速Blast検索ソフトウェアです。
BLASTの実行速度が1万倍になります。BLASTの処理は大きく３つの段階に分けられます。最初にデータのフォーマット処理、次に検索処理、最後にアラインメントです。SLIMSearchはこのうち、検索処理を高速化します。
IMCやMGGから、この高速性を利用することができます。
