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O01: 環状ゲノムマップを描画する

機能

環状ゲノムマップ(Circular Genome Map)は、同心円上に単一ゲノム染色体あるいは近縁種同士の複数のゲノム染色体からのFeatureやContentおよびゲノム位置特異的な任意の数値データを比較描画する機能です。

  • それぞれのゲノム染色体の遺伝子等各Featureの分布状態や、塩基組成の変化などを表示することができます。
  • 配置するFeatureやContentの同心円の順序は任意に変更可能です。描画パラメータの設定は同心円毎に変更可能です。
  • 環状ゲノムマップの直径や印刷用パラメータの変更も可能です。
  • 環状ゲノムマップの印刷直接印刷以外に、PDF, PNG, EMFの各フォーマットでファイル出力可能です。

 

  • 環状ゲノムマップの同心円上に描画される多数のフィーチャーは注釈が存在すれば、その注釈の種類により異なるカラーでそれぞれを分類表示することができます。
    • Circular Feature Lane別のFeature描画独立カラー設定が可能です。
    • Feature Key別に異なるカラーで描画します。
    • Color Qualifierが設定されている場合に指定カラーでCDS Featureを描画します。
    • Classificationコードに指定されたカラーでCDS Featureを描画します。
    • EC Nubmerに由来するカラーでCDS Featureを描画します。
    • Categoryコードに指定されたカラーでCDS Featureを描画します。Blastのスコア範囲に指定されたカラーでCDS Featureを描画します。
  • 環状ゲノムマップに描画される配列ファイルは、反応プールに表示されている順序で参照され、その固有名では参照されません。このため、異なる多数の環状ゲノム配列を同一形式で描画することが容易に操作可能です。
  • 環状ゲノムマップ上の一部をクリックすることにより、対応するメインフィーチャーマップの領域を表示させることが可能となっています。
  • 環状ゲノムマップには、その中心に配列ファイル名と総塩基長(単一ゲノム染色体の時)が描画され、また周囲には塩基数目盛が表示されます。目盛の開始位置塩基も変更可能です。
  • 以上のマップレイアウトは、レイアウトスタイルとして登録可能で、登録された環状ゲノムレイアウトスタイルは後で呼びだすことができます。
  • 環状ゲノムマップ描画機能は、IMC GE/AEに実装されており、IMCSEには実装されていません。

 

対象IMC Edition: 

基本的な操作

環状ゲノムマップの描画対象となる環状ゲノム塩基配列ファイルをあらかじめ反応チューブにロードしておきます

  1. 反応チューブ(=編集DNAプール)に注釈付塩基配列をロードします(複数可)
  2. 環状ゲノムマップ描画ボタンあるいはメニューをクリックします。
  3. Genome Map ダイアログがj表示され、デフォールトのレイアウトスタイルで環状ゲノムマップが描画されます。

別のレイアウトスタイルでの描画

  1. Genome Map Layout Styleから他のレイアウトを選択します。
  2. SETボタンをクリックしますと、選択したレイアウトスタイルの内容が表示されます。
  3. Showボタンをクリックすると、選択したレイアウトスタイルで再描画されます。

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