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IMC機能概要

 

インシリコモレキュラークローニングの概要


IMC開発基本思想

  • IMCは全ゲノムレベルの解析が可能な配列解析ソフトウェアを目指します。
  • 分子生物学のセントラルドグマに沿った操作を実現します。
  • 入出力は世界標準的な可視化テキストファイルを使用します。
  • 利用者毎の柔軟なカスタマイズを可能とします。
  • 利用者の要望を迅速に反映し、頻繁な改良や機能追加を行ないます。
  • 研究者や学生が日常的に利用しているWindowsやMacのコンピュータ上で動作します。

開発アドバイザー

インシリコモレキュラークローニングの開発は奈良先端科学技術大学院大学の小笠原直毅教授、東京工業大学の黒川顕教授の協力の下に行われています。

IMCの機能

  • 注釈付き塩基配列ファイルのインポート・エキスポート
  • 実際に切断・ライゲートできるクローニング機能
  • フィーチャーマップ操作機能
  • フィーチャーマッピング
  • 配列マッピング
  • 配列解析
  • 検索機能
  • アノテーション機能
  • 比較ゲノム解析
  • アレイ解析
  • ユーティリティ

IMCのライセンス形態

  • 浮動(ドングル)ライセンス は、IMCをインストールするコンピュータを固定しないライセンス形態です。ライセンス情報が記録されたドングルをUSBソケットに挿入した場合に、そのコンピュータでIMCを起動することができます。ライセンス保有者が複数のコンピュータ(WindowsとMacが混在していても可)でIMCを利用する場合などにこのライセンス形態が採用されています。
  • 機器固定ライセンス は、IMCをインストールするコンピュータを固定するラライセンスです。研究室などにあるコンピュータ一台にIMCをインストールし、複数の利用者が共用している場合などにこのライセンス形態が採用されています。

IMCのVersion Up

  • IMCのVersion Upは頻繁(平均一週間に一度)に行われていますが、新規購入後、一年間は無料でVersion Upが可能です。
  • その後のVersion Upは有料となり、Version Up注文後、一年間Version Upが可能となります。

IMCのマニュアル

  • IMCのマニュアルは、ソフトウェア起動後にダウンロード、閲覧できます。その他に、このホームページ内や、Wiki, SNSなどでも操作方法が説明されています。
  • 旧版のブック形式マニュアルは、こちらからダウンロードできます。

IMCの価格と注文方法

  • IMCの日本国内における価格と注文方法はこちらをご覧ください。

インシリコモレキュラークローニングの機能


注釈付き塩基配列ファイルのインポート・エキスポート


  • 大規模塩基配列の高速読込可能
  • CSV形式での塩基配列、アミノ酸配列エキスポート
  • FastA(Single, Multiple)フォーマットでの配列ファイル出力、定義行のフレキシブルな設定
  • DDBJ大量塩基配列データ登録機能
  • 圧縮塩基配列ファイルの直接読み込みとTaxononyツリー展開
  • TaxiSpiderからの塩基配列ファイル受け取り

実際に切断・ライゲートできるクローニング機能


IMCは、クローニング実験の操作をコンピュータ上で実行できることに特徴があります。この際、特殊なデータは不要で、GenBankやEMBLなどの公的なデータベースから入手できる塩基配列データをそのままクローニングすることが可能です。クローニングは注釈付の配列をそのまま、制限酵素消化、PCRプライマー設計、PCR増幅、ライゲーションを実行できます。結果として得られるクローニング生産物はすべてGenBank/EMBLフォーマットで出力されます。Primer情報は塩基配列上に貼り付けられ保存されるるため、Primerの管理にも有用です。

  • 制限酵素反応
  • PCRプライマー設計
  • PCR増幅
  • プライマー管理
  • ライゲーション
  • プラスミドマップ
  • ゲル電気泳動

フィーチャーマップ操作機能


IMCのフィーチャーマップは多様なカスタマイズ機能を有しており、望み通りの遺伝子地図などを描画、印刷することができます。

  • 遺伝子地図(フィーチャーマップ)作成
  • 地図のカスタマイズ (フィーチャー配置方法、形状、カラー、ラベル)
  • 独自フィーチャーキーの登録
  • 環状DNA対応のスクロール、地図描画
  • 高速ズーム、スクロール
  • GenBank/EMBLフォーマットファイルとの連動
  • コンテントマップ(組成プルファイル)の表示 (GC含量、GCスキュー、FickettによるTESTCODEなど)
  • 任意の数値列のインポートおよびプロファイル表示

フィーチャーマッピング


遺伝子同定ソフトウェアの同定結果のインポートおよびマッピング

  • Glimmer
  • GeneScan
  • MetaGeneAnnotator(MGA) Mac OSのみ
  • tRNAScan-SE

注釈ファイル形式のインポート・マッピング

  • CSV形式
  • GFF,型式
  • GTF,形式
  • JSNP,形式
  • XanaGenome形式
  • GenomeGAMBLER形式

検索結果のインポートマッピング

  • Blast検索出力ファイルのCDSへのマッピング

配列マッピング


  • cDNA配列のゲノムDNAへのマッピング
  • ABIシーケンサー配列ファイルのDNAへのマッピング
  • 多重トレース波形アラインメント描画・操作

配列解析


  • アミノ酸翻訳
  • スタート(ストップ)コドン同定
  • コドンアミノ酸使用頻度表作成
  • ORF抽出(Longest法)
  • 注釈付き塩基配列の逆相補鎖生成

検索機能


  • 配列パターン検索(核酸・アミノ酸)、遺伝子間領域探索
  • キーワード検索
  • フィーチャーキー検索
  • EC番号検索
  • 相同性検索(フィーチャーマップとレファレンスマップ間、対ローカルデータベース、NetBlast対応)
  • すべてのフィーチャーの塩基配列、アミノ酸配列から上記データベースへの検索
  • 検索用データベースの簡単作成
  • バッチホモロジー検索(指定領域の全フィーチャー対象)
  • 検索結果のフィーチャーへの貼り付け
  • マルチプルアラインメント
  • 分子系統樹描画

アノテーション機能


アノテーションウィンドウでは、様々なツールが用意され、誰でも簡単に注釈をつけることができるようになっています。

  • 注釈自動転記機能
  • フィーチャー別に相同性解析結果を貼り付け保存

比較ゲノム解析(ゲノミクス版以上に実装)


スタンダード版のすべての機能の上に、比較ゲノム機能が強化されており、環状ゲノムマップやドットプロットの描画印刷機能などが実装されています。さらに参照ゲノムマップでは数十もの生物種を簡単に比較解析することができます。

  • 多重ゲノム・アラインメント・フィーチャーマップ
  • 染色体間での相同性検索
  • フィーチャーアラインメント
  • 環状ゲノムマップ
  • ドットプロット
  • ゲノムリアレンジメントマップ(Genome Rearrangement Map)
  • ベン図(Venn Diagram)
  • 反復配列検出
  • 染色体間非相同領域検出

アレイ解析(アレイ版にのみ実装)


高精度なタイリングアレイデータを遺伝子などの注釈と併置して閲覧解析することが可能です。現在のところ、Affymetrix 社、Agilent 社、Nimblegen 社のアレイに対応しています。

  • アレイプロファイル並列表示(注釈も同時に表示・印刷可能)
  • アレイデータ補正、アレイ情報統計(グラフ作成)
  • アレイ間演算、演算結果ファイル保存
  • プローブレベルー遺伝子レベル発現強度変換
  • 遺伝子(遺伝子間)別発現強度によるクラスタリング
  • プロファイルピーク検出

ユーティリティ


  • IMC最新版の自動ダウンロード・インストール機能
  • ヘルプの最新版のダウンロード・インストール機能
  • 圧縮塩基配列ファイルの直接読み込みとTaxononyツリー展開
  • インターネットダウンロードサイト

 

近日中リリース予定製品

近日中リリース予定機能