Get Adobe Flash player
Home IMCガイド
English (UK)

IMCガイド

IMCガイド

- IMCはゲノム時代の新しい概念による配列解析ソフトウェアです。

-- 分子生物学のセントラルドグマに沿った操作を実現しています。

- ゲノム塩基配列を基本として、様々な解析を実行することが可能です

-- 最近では、まずゲノム塩基配列全体を決定し、その後遺伝子レベルの実験や解析を行うことが増えています。

--- 例:DNAアレイ解析

--- 例:次世代シーケンサデータ解析

-- このようなトップダウンのアプローチに基づくソフトウェアは皆無でした。

-- IMCは、「まずゲノム塩基配列ありき」のトップダウンアプローチに基づく新しい時代のソフトウェアです。

- 利用者毎の独自のカスタマイズ機能が豊富です。

- 分子生物学実験の補助やシミュレーションに使用できます。

-- 任意のVector/Plasmidをコンストラクトできます。

-- Vectorへのインサートチェックに最適な制限酵素をリストアップし、そのゲル電気泳動結果をシミュレート表示します。

- 研究用だけでなく、分子生物学の教育・学習用のソフトウェアとしても充分利用できます。

-- インシリコのクローニング実験が可能です。

-- 目に見えない分子生物学実験を理解する助けになります。

- 独自開発のため、研究者の要望を迅速に反映し、頻繁な改良や機能追加を実現しています。

- 研究者や学生が日常的に利用しているWindowsやMac上で動作します。

 

環状ゲノムマップを描画する

環状ゲノムマップを描画する

- 環状ゲノムマップ(Circular Genome Map)は、同心円上に単一ゲノム染色体あるいは近縁種同士の複数のゲノム染色体からのFeatureやContentおよびゲノム位置特異的な任意の数値データを比較描画する機能です。

- 環状ゲノムマップの同心円上に描画される多数のフィーチャーは注釈が存在すれば、その注釈の種類により異なるカラーでそれぞれを分類表示することができます。

- 環状ゲノムマップに描画される配列ファイルは、反応プールに表示されている順序で参照されます。このため、異なる多数の環状ゲノム配列を同一形式で描画することが容易に操作可能です。

- 環状ゲノムマップ上の一部をクリックすることにより、対応するメインフィーチャーマップの領域を表示させることが可能となっています。

- 環状ゲノムマップには、その中心に配列ファイル名と総塩基長(単一ゲノム染色体の時)が描画され、また周囲には塩基数目盛が表示されます。目盛の開始位置塩基も変更可能です。

- マップレイアウトは、レイアウトスタイルとして登録可能で、登録された環状ゲノムレイアウトスタイルは後で呼びだすことができます。

- 環状ゲノムマップ描画機能は、IMC GE/AEに実装されており、IMC SEには実装されていません。

より詳しく

VENNダイアグラムを描く

VENNダイアグラムを描く

 すでに遺伝子が同定された3株の近縁種ゲノム塩基配列についてそれらのGenBank形式ファイルを使い、それぞれのゲノム上に存在するすべての遺伝子の間に共通遺伝子か否かを判定し、3ゲノム間あるいは2ゲノム間のベン図(Venn Diagram)を描画します。

- 共通遺伝子の判定には、NCBI Blastによるアミノ酸配列性検索を使用します。

- 判定基準は、Blast結果のPercent IdentityとOverlap Lengthを使用します。

- Percent IdentityとOverlap Lengthが指定値以上の組をそれぞれが共通と定義します。

より詳しく

局所的ゲノム再配置マップを描く

局所的ゲノム再配置マップを描く

~ 基準となるゲノム上に、異なる近縁種ゲノムとの相同領域を検出し、塩基配列およびそれぞれのゲノムのフィーチャーをアラインメントした局所的ゲノム再配置マップを描画します。この機能を、ローカルゲノムリアレンジメントマップと名付けています。

*** 2種の近縁種間の全体にわたり、かつ局所的なゲノムリアレンジメントマップを作成・描画します。

*** 基準ゲノムに対して、比較対象としての近縁種のゲノム全域を写像します。

*** 2種のゲノム間のゲノム全域にわたり、塩基配列レベルでの相同領域を表示します。

*** コーディング領域においては、対応するアミノ酸残基をアラインメント表示します。

*** 核酸およびアミノ酸残基の不一致個所をリスト表示し、そのリストの各不一致個所をクリックすることにより、対応する位置にマップを移動できます。

*** 特定のFeature Keyの上あるは上流に存在する変異だけにリストを絞り込みます。

*** 相同領域においては双方のゲノムのフィーチャーとその位置をアラインメント表示します。

より詳しく

16SrRNAによるメタゲノム解析

16SrRNAによるメタゲノム解析

*** メタゲノム由来の16SrRNA塩基配列から、集団を構成する生物種の学名6種のRank別構成比を表示します。

*** 24個までのサンプルを一度に解析します。

*** 解析結果はファイルとして保存され、後程参照・表示可能です。

*** 集計グラフは印刷や画像ファイルとして保存可能です。

*** 集計結果は、CSVファイルとして保存可能です。

*** 複数の既存16SrRNAの参照データベースを登録・選択できます。

より詳しく