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機能別案内板

「案内板」は、インシリコバイオロジー社製品やサービスへの機能別ガイドです。リンクを辿って、各種の詳細な説明ページに案内します。

  • 比較ゲノム機能への案内   ( 4 記事 )

    比較ゲノム機能は、2種(株)以上の複数の全ゲノムを比較します。

     

    • 実装ソフトウェア:IMCGE IMCAE  GenomeTraveler
    • 主な機能:
      • 環状ゲノムマップの設計と描画、印刷
      • 複数参照ゲノム全域の多重アラインメント
      • ドットプロット
      • ベン・ダイアグラム
      • 広域ゲノム再配置地図
      • 局所ゲノム再配置地図
      • 複数ゲノム間のEC番号対応表作成
      • 16srRNAによるメタゲノム解析(種別組成グラフ作成)

     

  • アセンブル・スキャフォールディング機能への案内   ( 3 記事 )

    ショートリードのde novo AssemblyやScaffoldingを実行します。

    • 実装ソフトウェア名称: IMC GE IMCAEGenomeTraveler
    • 主な機能
      • de novo Assembly
        • in silico Assemblerによる
        • Velvetによる(GTのみで実行可能)
      • Scaffolding
        • GTのみで実行可能
  • クローニング機能への案内   ( 2 記事 )

    インシリコクローニング(コンピュータ上でのクローニングシミュレーション実験)を行います。

    • 実装ソフトウェア名称:IMCSE IMC GE IMCAE GenomeTraveler
    • 主な機能
      • 制限酵素処理(制限酵素地図、制限酵素消化断片生成、インサートチェックに最適な制限酵素候補リスト、その他)
      • PCRプライマー設計、
        • 特定のフィーチャー上を避けるプライマー設計
        • 全遺伝子を増幅する一括プライマー設計
        • ゲノム全体をカバーする数千個のPCRプライマー一括設計
        • プライマー管理
      • インシリコPCR: PCRによる複製(注釈含む複製機能)、
      • ライゲーション、セルフライゲーション、塩基断片末端形状適合性チェック
      • プラスミドマップ作成(インサート領域吹出機能) (レイアウトスタイル対応)
      • 注釈を記述したままのクローニング
      • DNA末端への制限酵素認識部位の付加
      • DNA末端平滑化(Blunting)、リン酸化(脱リン酸化)
      • 注釈付き塩基配列の任意領域切り出し
  • アレイ解析機能への案内   ( 0 記事 )

    タイリングアレイデータの解析を行います。高精度なタイリングアレイデータを遺伝子などの注釈と併置して閲覧解析することが可能です。Affymetrix 社、Agilent 社、Nimblegen 社のアレイに対応しています。

    • 実装ソフトウェア名称: IMCAEGenomeTraveler
    • 主な機能
      • アレイプロファイル並列表示(レイアウトスタイル対応)
      • アレイデータ補正、アレイ情報統計(グラフ作成)
      • アレイ間演算、演算結果ファイル保存
      • プローブレベルー遺伝子レベル発現強度変換
      • 遺伝子(遺伝子間)別発現強度によるクラスタリング
      • プロファイルピーク検出

     

  • 検索機能への案内   ( 2 記事 )

    配列や注釈の検索を行います。

    • 実装ソフトウェア名称:IMCSE IMC GE IMCAEGenomeTraveler
    • 主な機能
      • 配列パターン検索(核酸・アミノ酸)、遺伝子間領域探索
      • キーワード検索
      • フィーチャーキー検索
      • 相同性検索
      • すべてのフィーチャーの塩基配列・アミノ酸配列からデータベースへの検索
      • 検索用データベースの簡単作成
      • 複数ゲノム配列を同時に検索可能

     

  • アノテーション機能への案内   ( 1 記事 )

    アノテーションウィンドウでは、様々なツールが用意され、簡単に注釈をつけることができるようになっています。

     

    • 実装ソフトウェア名称:IMCGE IMCAE GenomeTraveler
    • 主な機能
      • フィーチャー別に相同性解析結果を自動転記します。
      • バッチホモロジー検索(指定領域の全フィーチャー対象)、検索結果のフィーチャーへの貼り付け
      • パスウェイ解析を実行します(KEGG APIを利用しています)。

     

  • マッピング機能への案内   ( 0 記事 )

    参照ゲノム配列上への短い配列群のマッピングを行います。

    • 実装ソフトウェア名称: IMC GE IMCAEGenomeTraveler
    • 主な機能
      • NGS Short Readマッピング
      • アミノ酸配列マッピング
      • ABI/SCFトレース波形データマッピング
      • EST配列マッピング
  • ファイル作成・変換機能への案内   ( 0 記事 )

    配列ファイル等の作成や変換を行います。

    • 実装ソフトウェア名称:IMCSE IMC GE IMCAEGenomeTraveler
    • 主な機能
      • Single GenBank/EMBL形式ファイルの生成
      • Multiple GenBank/EMBL形式ファイルの生成
      • Multiple GenBank/EMBL形式ファイルの仮想的結合
        • 複数のコンティグ配列を間に指定個数のN塩基あるいはストップコドン集合を挿入して仮想的に1本の染色体を生成する機能
      • Multiple GenBank形式ファイルの分解
      • 不要な注釈(Feature/Qualifier)の自動除去
      • Feature のCSV形式やFastA形式での出力
  • ゲノム解析機能への案内   ( 0 記事 )

    単一ゲノムの解析を行います。

    • 実装ソフトウェア名称:IMCSE IMC GE IMCAEGenomeTraveler
    • 主な機能
      • ORF抽出(Longest Stop-to-Stop法、AUGUSTUS)
      • アミノ酸翻訳
      • 逆相補鎖配列の生成(注釈も反転)
      • コドン使用頻度表の作成
        • ゲノム上の全CDS
        • 指定領域にある全CDS
        • 単一のCDS