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IMC O 比較ゲノム機能への案内

比較ゲノム機能は、2種(株)以上の複数の全ゲノムを比較します。

 

  • 実装ソフトウェア:IMCGE IMCAE  GenomeTraveler
  • 主な機能:
    • O01 多重環状ゲノムマップの設計と描画、印刷
    • O02 参照ゲノム全域の多重リニアアラインメントマップ
    • O03 ドットプロット
    • O04 ベン・ダイアグラム
    • O06 広域ゲノム再配置地図
    • O05 ゲノム間ユニーク領域抽出
    • O07 局所ゲノム再配置地図
    • O08 複数ゲノム間のEC番号対応表作成
    • O09 16srRNAによるメタゲノム解析(種別組成グラフ作成)
    • O10 遺伝子クラスターアライメント
    • O11 コアゲノム解析

 

IMC O11 コアゲノム解析

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • コアゲノム解析は、複数の近縁種ゲノム間での保存されたコア遺伝子を同定する機能です。以下は、3つのゲノム間のコア遺伝子を抽出し、並べたものです。
  • 相同遺伝子間のマルチプルアラインメントを表示できます。

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IMC O10 遺伝子クラスターアラインメント

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • 遺伝子クラスター解析は、複数の近縁種ゲノム上の同種遺伝子クラスターの並び方を図示する機能です。以下のように相同遺伝子間が直線で結ばれます。
  • より詳しく

IMC O02 多重リニアゲノムマップ

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • 多重線状ゲノムマップ(Multiple Linear Genome Map)は、近縁種間の複数のゲノム染色体からのFeatureを並列に比較描画する機能です。
  • 多重線状ゲノムマップ上の1つフィーチャーを右クリックすることにより、他のゲノム上の全フィーチャーに対するホモロジー検索を実行でき、そのフィーチャーが他のゲノム上に相同な藩列を持つ場合は、相同遺伝子を軸にアライメント表示できます。
  • 多重線状マップからマウス右クリックで「IMC O10 遺伝子クラスターアライメント」を実行することができます。
  • PDF, PNG, EMFの各画像フォーマットでファイル出力できます。

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IMC O09 16SrRNAによるメタゲノム解析

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • メタゲノム由来の16SrRNA塩基配列から、集団を構成する生物種の学名6種のRank別構成比を表示します。
  • 24個までのサンプルを一度に解析します。
  • 解析結果はファイルとして保存され、後程参照・表示可能です。
  • 集計グラフは印刷や画像ファイルとして保存可能です。
  • 集計結果は、CSVファイルとして保存可能です。
  • 複数の既存16SrRNAの参照データベースを登録・選択できます。
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IMC O07 局所ゲノム再配置マップを描く

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • 基準となるゲノム上に、異なる近縁種ゲノムとの相同領域を検出し、塩基配列およびそれぞれのゲノムのフィーチャーをアラインメントした局所的ゲノム再配置マップを描画します。この機能を、ローカルゲノムリアレンジメントマップと名付けています。
  • 2種の近縁種間の全体にわたり、かつ局所的なゲノムリアレンジメントマップを作成・描画します。
  • 基準ゲノムに対して、比較対象としての近縁種のゲノム全域を写像します。
  • 2種のゲノム間のゲノム全域にわたり、塩基配列レベルでの相同領域を表示します。
  • コーディング領域においては、対応するアミノ酸残基をアラインメント表示します。
  • 核酸およびアミノ酸残基の不一致個所をリスト表示し、そのリストの各不一致個所をクリックすることにより、対応する位置にマップを移動できます。
  • 特定のFeature Keyの上あるは上流に存在する変異だけにリストを絞り込みます。
  • 相同領域においては双方のゲノムのフィーチャーとその位置をアラインメント表示します。

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IMC O06 広域ゲノム再配置マップを描く

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • 基準となるゲノム上に、異なる近縁種ゲノムとの相同領域同士を検出・結合し、ゲノム全域間の転置を示した広域ゲノム再配置マップを描画します。この機能を、IMCではグローバルゲノムリアレンジメントマップと名付けています。
  • 複数(10ゲノム程度まで)の近縁種間の全長にわたるゲノムリアレンジメントマップを作成・描画します。
  • 2種のゲノム間のゲノム全域にわたり、遺伝子レベルでの相同領域を表示します。
  • PDF, PNG, EMFの各画像フォーマットでファイル出力できます。

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IMC O04 VENNダイアグラムを描く

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • すでに遺伝子が同定された3株の近縁種ゲノム塩基配列についてそれらのGenBank形式ファイルを使い、それぞれのゲノム上に存在するすべての遺伝子の間に共通遺伝子か否かを判定し、3ゲノム間あるいは2ゲノム間のベン図(Venn Diagram)を描画します。
  • 共通遺伝子の判定には、NCBI Blastによるアミノ酸配列性検索を使用します。
  • 判定基準は、Blast結果のPercent IdentityとOverlap Lengthを使用します。
  • Percent IdentityとOverlap Lengthが指定値以上の組をそれぞれが共通と定義します。

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IMC O03 DotPlotを描く

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • 2つのゲノム間の相同領域をドットで表示します。
  • ナビゲーション画面があります。
  • メインフィーチャーマップおよび多重線状アラインメントマップと連動します。
  • PDF, PNG, EMFの各画像フォーマットでファイル出力できます。

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IMC O08 酵素比較表を出力する

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • 複数のゲノム上にある酵素のEC番号別の存在リストを作成します。
  • リストはCSVファイルとして出力できます。

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IMC O05 ゲノム間ユニーク領域を検出する

 

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • 2種のゲノム間で互いにユニークな領域を検出し、そのリストを出力します。
  • 結果はCSVファイルとしても出力できます。

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IMC O01 多重環状ゲノムマップを描く

  • この機能は以下のソフトウェアに搭載されています
    • IMCGE
    • IMCAE
    • GenomeTraveler
  • 多重環状ゲノムマップ(Circular Genome Map)は、同心円上に単一ゲノム染色体あるいは近縁種同士の複数のゲノム染色体からのFeatureやContentおよびゲノム位置特異的な任意の数値データを比較描画する機能です。
  • 環状ゲノムマップの同心円上に描画される多数のフィーチャーは注釈が存在すれば、その注釈の種類により異なるカラーでそれぞれを分類表示することができます。
  • 環状ゲノムマップに描画される配列ファイルは、反応プールに表示されている順序で参照されます。このため、異なる多数の環状ゲノム配列を同一形式で描画することが容易に操作可能です。
  • 環状ゲノムマップ上の一部をクリックすることにより、対応するメインフィーチャーマップの領域を表示させることが可能となっています。
  • 環状ゲノムマップには、その中心に配列ファイル名と総塩基長(単一ゲノム染色体の時)が描画され、また周囲には塩基数目盛が表示されます。目盛の開始位置塩基も変更可能です。
  • マップレイアウトは、レイアウトスタイルとして登録可能で、登録された環状ゲノムレイアウトスタイルは後で呼びだすことができます。

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近日中リリース予定製品

近日中リリース予定機能