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COG分類コードで各遺伝子をカラー分類し、フィーチャーマップに表示します

CDSが同定されているゲノム塩基配列に対して、オーソログデータベースであるCOGとの相同性検索を実行し、COGの機能分類コードを自動転記します。結果として、各CDSをフィーチャーマップ上にカラー分類表示することができます。

実装Version

 

  • IMC 4.2.13以降
  • IMC GE以上

 

準備するもの

 

  • COGデータベース myva
  • サンプルゲノム配列 Bsub50kb.gbk
  • 任意のゲノム配列で実行可能ですが、COGデータベースは酵母以外の原核生物種を含まないため、真核生物ゲノム配列は適当ではありません。
  • サンプル配列は、枯草菌の一部領域のとりだしたものですが、全ゲノムで実行すると処理時間がかかる場合があります。

 

操作方法

 

  1. COGデータベースをダウンロードします。
  2. COGデータベースを登録します。
    • バッチホモロジー検索用DB登録機能を使用します。
  3. Menuの"File" -> "Create Blast DB"を選択します。あるいは、ツールボックスのCreate Blast DBをクリックします。
    • "Create Blast DB" 機能の詳細情報
  4. サンプルゲノム配列を読み込みます。
    • サンプルゲノム配列はIMCインストール時に"ユーザ/Documents/sample"フォルダーに生成されます。
    • あるいは弊社ダウンロードサイトからダウンロードできます。
  5. ミノ酸翻訳を実行し、各CDSにアミノ酸配列を登録します。
    • 各CDSにアミノ酸配列が登録されていないと検索は" No Hit"となります。
    • 各CDSにすでにアミノ酸配列が登録されている場合は、この処理は不要です。
    • CDSのアミノ酸翻訳機能の詳細情報
  6. バッチホモロジー検索を実行します。
    1. ゲノム上の全CDSを対象とする場合は、Menuの"Genome Analysis" -> "Batch Homology Search"を選択あるいは、ツールボックスのBat Homology Searchボタンをクリックします。
    2. ゲノム上のある指定領域にある全CDSを対象とする場合は、マウスでその領域をドラッグし、領域を指定します。その選択領域の上でマウス右クリックし、表示されるポップアップメニューから"Homology Search by Selected Feature"を選択します。
  7. 表示されるBatch Homology Searchダイアログで、COGデータベースを選択し、Setボタンをクリックすると、実行が開始されます。
    • Batch Homology Search機能の詳細情報
  8. Classification Codeでカラー分類表示します。
  9. 実行が終了したら、MenuのView -> Show with Classification Colorを選択します。
    • するとこのページトップのようなCOG分類カラーで各CDSが分類表示されます。
    • フィーチャーマップ上の各フィーチャーをカラー表示する機能の詳細情報

 

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