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関連項目

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大量のコンティグ配列をPaired End配列を使って結合し、より大きなScaffoldを生成します

次世代シーケンサなどの配列をde novoアセンブルした結果として、大量のコンティグが生成されます。これらゲノム上の位置が特定できない大量のコンティグ配列の状態では解析しにくいため、同様に次世代シーケンサのPaired End配列を利用して、これらのコンティグ同士を結合して、より大きなScaffold配列を生成します。また、Scaffold配列同士を1本に結合することも可能です。

使用するデータ

  • 大量のコンティグ配列(MultipleFastA)
  • ペアードエンドショートリード配列ファイル(Solexa, SOLiD, 454など)

使用するソフトウェア

  • GenomeTraveler

GenomeTravlerのScaffold Viewer

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