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IMC機能一覧


  • 塩基配列ファイル操作機能
  • アミノ酸配列ファイル操作機能
  • フィーチャーマップ操作機能
  • 閲覧・描画機能
  • 核酸配列解析機能
  • クローニング機能
  • ラボノート機能
  • アミノ酸配列解析機能
  • データベース生成機能
  • ゲノムマッピング機能
  • アノテーション機能
  • 比較ゲノム機能
  • アレイデータ解析機能
  • 各種設定・ユーティリティ

塩基配列ファイル操作機能


  • 塩基配列ファイル読込み、フィーチャーマップの描画・印刷
    • GenBank/EMBL形式塩基配列ファイル
    • FastA形式塩基配列ファイル
    • プレーンテキスト形式塩基配列ファイル
    • 数字・空白文字を含む塩基配列ファイル
    • シーケンシングファイル(ABI/SCF形式ファイル)
    • ペーストによる塩基配列読み込み
  • マップに表示中の塩基配列・フィーチャーのファイル保存・書き出し
    • GenBank/EMBL形式ファイル
    • FastA形式ファイル
    • DDBJ形式大量塩基配列登録ファイル
  • フィーチャーからの塩基配列ファイル作成

アミノ酸配列ファイル操作機能


  • アミノ酸配列ファイル読込み、アミノ酸フィーチャーマップの描画・印刷
    • GenPept形式アミノ酸配列ファイル
    • FastA形式アミノ酸配列ファイル
  • プレーンテキスト形式アミノ酸配列ファイル
  • 数字・空白文字を含むアミノ酸配列ファイル
  • ペーストによるアミノ酸配列読み込み
  • マップに表示中のアミノ酸配列・フィーチャーのファイル保存・書き出し
    • GenPept形式ファイル
    • FastA形式ファイル

フィーチャーマップ操作機能


  • 各種ファイルからのフィーチャーの新規・追加登録
    • CSV形式のフィーチャーファイル
    • Glimmerによる遺伝子同定結果ファイル
    • GeneScanによる遺伝子同定結果ファイル
    • RNAScan-SEによるtRNA同定結果ファイル
    • 旧GenomeGAMBLERの遺伝子同定結果ファイル
    • 旧XanaGenomeの遺伝子同定結果
    • MGAによる遺伝子同定結果ファイル
    • GFF形式のフィーチャーファイル
    • JSNP形式のSNPsファイル
  • フィーチャー操作
    • フィーチャー新規登録、変更、削除
    • フィーチャーのQualifier変更
    • フィーチャーへの文献ファイルの付加・閲覧
    • フィーチャーへの立体構造ファイルの付加・閲覧
    • フィーチャーの形状、カラー、描画位置変更
    • フィーチャーフュージョン機能
    • 同一Qualifierの縮退機能
    • 指定Qualifierのスクリーニング
  • フィーチャーマップ描画・操作・印刷機能
    • ワイドレンジマップズーム・スクロール
    • ゲノム上の任意領域マップ表示機能
    • 表示中フィーチャーマップの逆相補鎖変換機能(注釈同期)
    • フィーチャーカラー分類表示
      • 相同性スコア等によるカラー分類表示
      • カテゴリによるカラー分類表示
      • EC番号によるカラー分類表示
      • 任意の分類体系によるカラー分類表示
      • フィーチャーキー別のカラー表示
      • フィーチャーキー別のカラー表示
    • フィーチャーへのラベル表示
      • 任意のQualifierをラベルとして表示
      • 任意のラベルを入力
    • フィーチャーマップの印刷
      • 直接印刷
      • 画像ファイル出力(PDF, EMF,PNGから選択)
      • 任意の用紙、ページ設定
    • フィーチャーレーン移動・高さ変更
    • フィーチャーレイアウトスタイル機能
      • 登録・削除・編集機能
      • レイアウト取り込み機能
  • フィーチャー検索機能
    • フィーチャーキー検索
    • フィーチャーへの注釈検索
      • キーワード検索(部分一致)
      • カテゴリ検索
      • EC番号検索
      • 任意の分類コード検索
      • 操作履歴による検索

閲覧・描画機能


  • フィーチャーマップビューア
  • 参照ゲノムマップビューア
  • GenBank/EMBLファイルビューア
    • フィーチャーマップとの連動機能
  • 配列整形ビューア
    • DNA塩基配列表示・整形機能
    • コーディング領域のアミノ酸翻訳機能
    • 整形配列印刷機能
  • ペアワイズ配列アラインメントビューア
  • 多重配列アラインメントビューア
  • 単一トレース波形ビューア・エディター
  • 多重トレース波形ビューア
  • 進化系統樹ビューア
  • ゲノム再配置ビューア
  • 環状ゲノムマップビューア
  • プラスミドマップビューア
  • ドットプロットビューア
  • ベン図(Venn Diagram)ビューア
  • 遺伝子アレイ発現マトリックスビューア
  • アレイデータ補正ビューア

核酸配列解析機能


  • 配列パターン検索
    • 塩基配列パターン検索(IUPAC)
    • CDS/RNA上の翻訳アミノ酸配列パターン検索
    • ミスマッチ検索
    • 遺伝子間領域あるいは遺伝子上流指定塩基以内の領域探索
    • プライミング位置検索
    • 制限酵素認識部位検索
  • 配列相同性検索
    • NCBI Blast(NCBI製)を使用する相同性検索
    • SLIM Search(別売)を使用する相同性検索
  • 配列アラインメント
    • ClustalWを使用するマルチプルアラインメント
    • ペアワイズアラインメント
  • 分子系統樹の描画・印刷
    • マルチプルアラインメント結果からの進化系統樹作成
    • 分子系統樹の印刷
  • EST(cDNA)配列のゲノム塩基配列上へのマッピング
  • 配列組成解析
    • フィーチャーマップに表示されている領域の下記の組成プロファイル
      • GC/AT Content
      • 単一塩基組成プロファイル
      • GC/AT Skew
      • Cumulative GC/AT Skew
      • FickettによるTestCode?解析プロファイル
    • フィーチャー別に、組成データをCSV形式でファイル出力
  • ORF解析
    • GC含量、GCスキュープロファイルの表示
    • 原核生物ORF候補抽出
    • 開始コドンの変更
    • RBS(SD配列)の登録と表示
    • ORF領域のアミノ酸翻訳
  • コドン解析
    • フィーチャーマップ上の全CDSフィーチャーのコドン使用頻度表表示
    • 特定の領域に存在する複数のCDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示
    • 特定の1つのCDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示
    • コドン使用頻度表のCSVファイル出力
  • 塩基配列組成・フィーチャー・コドン統計
    • 全フィーチャー位置リスト作成
    • 全フィーチャー塩基組成作成
    • 全CDSフィーチャースタートコドン表示
    • リストのファイル出力

クローニング操作機能


  • PCRプライマー設計
    • フィーチャーマップの塩基配列上の任意の領域をマウスドラッグで設計
    • 設計されたプライマーセット一覧表の表示とファイル保存
    • 設計された任意のプライマーペアのプライミング位置へのマップ連動
    • 設計された任意のプライマーセットをフィーチャーとして登録
    • プライマー塩基配列への変異導入
    • Primer末端へのタグ配列付加
    • Primer配列への制限酵素認識配列付加
  • PCRプライマー管理
    • プライマーリストからのプライミング塩基配列ファイル自動読込み
    • 複数のプライマーリストファイルの切換え
    • プライマーリストのソート機能
  • PCR反応
    • プライマー設計からPCRまでの連続操作
    • PCR産物の注釈付塩基配列保存
    • 1塩基突出末端の生成
    • リン酸化・脱リン酸化末端の生成
  • 平滑末端の生成
  • リン酸化・脱リン酸化末端の生成
  • 制限酵素反応
    • 制限酵素によるDNA塩基配列の認識部位リスト表示
    • 認識部位リストから指定認識位置へのマップ連動
    • 制限酵素認識部位のマップ表示
    • 制限酵素認識部位のフィーチャーとしての登録
    • DAM/DCMによる非切断部位の表示
    • 制限酵素によるDNA塩基配列の消化切断(注釈保持)・個別ファイル生成
    • DAM/DCMによる切断阻害
    • クローニングによるインサートDNA断片のチェックに最適な制限酵素探索
  • ゲル電気泳動
    • 制限酵素消化断片のゲル電気泳動表示
    • インサートチェック用制限酵素によるベクター消化断片電気泳動表示
  • PCR産物・制限酵素消化断片の末端操作
    • 末端平滑化反応(Blunting)
    • リン酸化・脱リン酸化反応
    • T-ベクターの作成
  • ライゲーション反応
    • 末端適合性判定付き、1断片セルフライゲーション・環状化
    • 末端適合性判定付き、2断片間ライゲーション・環状化
    • T-Aクローニング
  • プラスミドマップの描画・印刷
    • インサートDNAを吹き出しにしたプラスミドマップの作成
    • インサートDNAあるいはベクター領域のいずれかを不可視化
    • プラスミドマップ上の表示フィーチャーキーの選択と表示形状の変更
    • 特定のフィーチャーキーが描画される同心円の指定
    • プラスミドマップの印刷(PDF, EMF, PNG)

ラボノート機能


  • インシリコ実験操作自動記録機能
  • 記録選択表示機能
  • 記録印刷機能

アミノ酸配列解析


  • アミノ酸配列パターン検索
    • CDS/RNA上の翻訳アミノ酸配列パターン検索
  • アミノ酸相同性検索
    • フィーチャーマップ上のCDSから参照ゲノムマップ上のCDSへの検索
    • 参照ゲノムマップ上のCDSからフィーチャーマップ上および参照ゲノムマップ上の他のDNA上のCDSへの検索
    • 任意のCDSから登録済みアミノ酸データベース検索
      • SLIM Search(別売)による高速化
    • 任意のCDSからNCBI NetBlastアミノ酸データベース検索
  • アミノ酸配列マルチプルアラインメント
    • マルチプルアラインメント
    • 進化系統樹
  • アミノ酸配列のゲノム塩基配列上へのマッピング
  • アミノ酸プロファイル解析
    • 二次構造指標
      • 親水性指標
      • 疎水性指標
      • 表面性指標
      • アミノ鎖柔軟性指標
      • 極性基指標
      • 分子量指標
      • 二次構造指標
      • 重み付け総合指標の作成機能

配列検索用データベース生成機能


  • NCBI BLAST用データベース生成
    • ダウンロード用圧縮ファイルから直接データベース作成機能
    • データベース連結機能
    • GenPept圧縮ファイルからの直接注釈転記用データベース作成
  • SLIM Search用データベース自動生成

ゲノムマッピング機能


  • EST(cDNA)塩基配列ファイルマッピング
  • アミノ酸配列マッピング
  • 複数ゲノムへのcDNA塩基配列自動マッピング
  • SNPs塩基配列ファイルマッピング
    • JSNPファイルマッピング
  • トレース波形データマッピング
    • ABI/SCFファイル塩基配列マッピング
    • シーケンサー塩基配列マルチプルアラインメント
    • トレース波形マルチプルアラインメント

アノテーション機能


  • アノテーション用データベース作成機能
    • 注釈転記用データベース作成
    • 外部サーバでの相同性検索実行用クエリー配列生成機能
    • 外部サーバでの相同性検索実行結果の自動リンク機能
  • アノテーションウィンドウ機能
    • 任意のゲノム領域のアノテーションウィンドウ表示
    • Qualifier値編集機能
    • 任意の相同性検索結果表示
    • 相同性検索結果から任意のQualifier値転記機能
    • 配列表示カスタマイズ機能
    • スタートコドン候補表示・変更機能
      • 連動アミノ酸翻訳機能
      • RBS(SD配列)フィーチャー表示機能
    • CDS領域表示方法カスタマイズ機能
  • GenBank/EMBLファイルビューア機能
    • 対フィーチャーマップ連動機能
  • アノテーション整理機能
    • 不必要Qualifier自動除去機能
    • DDBJ大量塩基配列登録用ファイル作成
    • フィーチャーフュージョン機能
    • Qualifier縮退機能
  • バッチホモロジー検索機能
    • 全ゲノム領域自動ホモロジー検索
    • 任意の指定領域自動ホモロジー検索機能
    • 未検索フィーチャーのみの自動ホモロジー検索機能
    • 指定Qualifierの注釈自動転記機能
  • 自動アノテーション機能
    • ORF探索
    • アミノ酸翻訳
    • 相同性検索
    • 注釈転記

比較ゲノム機能


  • 多重参照ゲノムマップ描画・操作・印刷
    • 複数の染色体のフィーチャーマップを相同フィーチャーでアラインメント
    • 連動・非連動スクロール・ズーム機能
    • フィーチャーマップとの間の相同性検索
      • 核酸配列相同性検索およびアラインメント
      • アミノ酸配列相同性検索およびアラインメント
    • 各ゲノム染色体表示行の移動機能
    • 環状ゲノムマップの印刷(PDF,EMF,PNG)
  • 環状ゲノムマップ描画・印刷
    • 複数の注釈付染色体塩基配列の任意のフィーチャーを表示
    • 複数の染色体塩基配列の任意のコンテント・スキューを表示
    • フィーチャー・コンテント表示順序変更
    • GenomeMap表示指定Featureのみの表示
    • 同心円別の独立カラー設定
    • 環状ゲノムマップの印刷(PDF,EMF,PNG)
  • ゲノム再配置マップ(Genome Rearrangement Map)の描画・操作・印刷
    • 複数の染色体間の領域別塩基相同性によるマップ
    • 複数の染色体間の領域別アミノ酸相同性によるマップ
    • 解析結果のCSVファイル出力
    • リンクのカラー設定
    • ゲノム間非相同領域の表示
    • ゲノム・リアレンジメントマップとフィーチャーマップ、レファレンスマップの連動
    • ゲノム・リアレンジメント・マップの印刷(PDF,WMF,PNG)
  • ベン図(Venn Diagram)の描画・操作・印刷
    • リストのCSVファイル出力
    • ベン図の描画カラー変更
    • 選択CDS領域マップの表示
  • ドットプロット(DotPlot)描画・印刷
    • BLAST使用のDotPlot作成
    • Sliding Window方式使用のDotPlot作成
    • DotPlotの印刷(PDF,WMF,PNG)
  • ゲノム塩基配列上の反復配列の抽出
    • ゲノム塩基配列上の反復配列リスト表示
    • 反復配列リストからのフィーチャーマップ移動操作
    • 反復配列リストのCSVファイル出力
  • ゲノム間非相同領域の抽出機能

タイリングアレイデータ解析機能


  • プローブ・マッピング機能
    • Affymetrix社製プローブ(BPMAPファイル等)・マッピング
    • Nimblegen社製プローブ(NDFファイル)・マッピング
    • Agilent社製プローブ・マッピング
    • SLIM Search(別売)使用による高速プローブ・マッピング
  • アレイファイルインポート
    • Affymetrix社CELファイルインポート
    • Nimblegen社PAIRファイルインポート
    • CSV形式ファイル発現データファイルインポート
  • アレイ内データ補正
    • 発現強度値分布グラフ表示
    • 発現強度値累積分布グラフ表示
    • PM - MM 変換
    • 全域Trimming(順位、比率、発現強度)
    • 塩基配列ウィンドウ内トリミング(順位、比率)
    • プローブ数ウィンドウ内トリミング(順位、比率)
    • 平均値・中央値移動
    • 補正計算順序変更自由
    • 補正計算セットのコピーアンドペースト
    • 複数個所にマッピングされるプローブの発現量補正(コピー数にて除算する)
  • アレイ間データ補正・アレイ間演算
    • アレイ間重み付け四則演算
    • アレイ間平均値計算
  • 発現強度値プロファイル描画・印刷
    • 最大6系列(順鎖6系列、逆相補鎖6系列)までのプロファイル同時並行表示
    • 逆相補鎖プロファイルの順鎖プロファイルへのオーバーレイ
    • アブノーマル値プローブの可視化(不可視化)
    • フィーチャーマップとの連動ズーム・スクロール
    • フィーチャーマップと並行して印刷(PDF,EMF,PNG)
  • エラープローブ検索・リスト表示機能
    • エラープローブリスト表示機能
    • エラープローブリストCSVファイル出力機能
    • エラープローブからのフィーチャーマップ、プロファイル移動機能
  • プローブレベルから遺伝子レベルへの発現強度値変換
    • CDSフィーチャー上やCDS間にマッピングされるプローブの発現強度をトリム集計
  • 遺伝子別及び遺伝子間別発現強度値クラスタリング
    • 遺伝子上発現強度および遺伝子間発現強度でのクラスタリング
    • 発現強度値の対数変換
    • アレイ別遺伝子別発現強度マトリックスの描画
    • マトリックスのピクセル表示
    • 発現強度段階の自動カラー設定
    • クラスタリングツリーの描画
    • マトリックスの印刷(PDF,WMF,PNG)
    • 結果の保存と再読込み

各種設定およびユーティリティ


  • ソフトウェア最新Version確認・ダウンロード・インストール
    • 毎起動時に自動確認
    • 任意の時点で手動確認
  • ヘルプのダウンロード
  • 関連サイトの登録・簡易接続機能
  • 旧形式注釈付塩基配列ファイルのチェック機能
  • GenBank/EMBL圧縮形式ファイルの生物系統樹式展開機能
    • gz圧縮Multiple GenBankファイルの展開
    • 各エントリーのOrganism生物種名を解析し、ツリー上のディレクトリ/フォルダーを生成・格納