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GenomeMatcher概要

東北大学生命科学研究科が開発し、インシリコバイオロジー社が販売するゲノムマッチャーのホームページです。


開発者


  • このソフトウェアは、東北大学大学院 生命科学研究科が開発しました。

ソフトウェアの概要(東北大学HPより引用)


  • GenomeMatcherは2つの塩基配列間で相同性が見られる領域をディスプレイ上で2次元にカラフルに描画するソフトウエアです。DNA配列のどの部位が、どれぐらい似ているのかについて簡単に知ることができます。
    • GenomeMatcherは基本的に既存のDNA配列比較プログラムのグラフィカルユーザーインターフェースです。
    • DNA配列比較プログラムとしては、主にBLASTプログラムの一種であるbl2seqを利用します。
    • 「bl2seqのblastnによる配列比較結果の描画機能を基本としていろいろな機能を追加したものがGenomeMatcherである」とご理解いただくと、システム構成が理解しやすいと思います。

  • 比較プログラムとしてはbl2seqに加えて、既存の比較プログラムであるMUMmer、MAFFT、ClustalW、に加えオリジナルのdotmatchと呼ぶアルゴリズムを用いることが出来ます。
    • このうち、グラフィカルな結果出力を得ることができるのはbl2seq、MUMmer、dotmatchです。
    • bl2seq、MUMmerによるグラフィカルな出力として、2つの配列を平行に配置した描画と、垂直に配置した描画の両方を描くことができます。
    • アラインメントは、bl2seq、MUMmer、MAFFT、ClustalWによるものを出力できます。

  • 生成された比較イメージは、その上をドラッグすることで次の解析の対象となる塩基配列の部位を指定することができます。
    • 対象範囲を指定した後は、お望みのプログラムを使って再解析できます。
    • 選択して再解析、という操作を繰り返すことで、任意の部位について詳しく調べることができます。

  • 描画された比較イメージの周囲には、注釈情報の存在を示す矢印が表示され、これをクリックすることにより注釈情報を参照することができます。
    • このことによりユーザーは、配列の違いをアノテーション情報と関連づけて理解することができます。

  • GenomeMatcherでは、非常に長い塩基配列を、ユーザが指定した長さで区切った領域ごとに比較することを何度も繰り返すことで全体の比較イメージを構築することが出来ます。
    • この指定長は一定値とすることも出来ますが、catenationモードと呼ぶ動作モードでは、複数の指定長をセットすることが出来ます。
    • 例えばcatenationモードでは、マルチレプリコンよりなる細菌ゲノム10個を連結した塩基配列について、レプリコンごとに比較することが出来ます。

  • GenomeMatcherは、「遺伝子群のスケール通りの描画」にも用いることができます。表計算ソフトを使ってアノテーションデータを編集して入力し、その絵を描くことができます。
    • 描画した絵はベクトル形式で保存が可能なので、グラフィックソフトを用いた改変が容易です。