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MGG概要

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MetaGenomeGAMBLER(MGG)は環境中に生息している微生物叢をそのままシーケンシングするプロジェクトを支援するためのソフトウェアです。 様々な種類の塩基配列データを同時に混在する今日、新旧のシーケンサーからのデータや、既知のデータベース登録済み塩基配列などをも一緒に解析することができます。 次世代シーケンサーからの膨大な塩基配列を既知のレファレンスゲノム塩基配列上にマッピングし、その結果をアラインメントビューアで塩基単位で閲覧することができます。これにより、レファレンスゲノム塩基配列との変異箇所の同定などが簡単な操作で実現できます。 MGGは、利用者の意見や要望を取り入れ、進化中です。

MGGのウィンドウ構成


MGGができること


次世代シーケンサ配列マッピング・リシーケンシング


  • Solexa, SOLiD, 454などの次世代シーケンサーからの塩基配列をマッピングします。
    • 異なる形式の塩基配列データを混在させて取り扱えます。
  • IMCを起動して、アノテーションを実行できます。

キャピラリーシーケンサ配列アセンブル


  • 塩基やフラグメントの品質を管理します。
  • 外部のアセンブラーを利用できます。 近縁種ゲノム配列へのマッピングができます。
  • 塩基配列のマルチプルアラインメントを表示し、コンセンサス配列を編集します 変異箇所のリストを表示し、直接変異箇所のアラインメント表示可能です。
  • トレース波形のマルチプルアラインメントが可能です。 コンティグ間の相互位置を表示します。

メタゲノムクラスタリング


  • 相同性解析結果により、コンティグの自動分類を行います。
  • 生物種系統樹から、該当するコンティグを逆引きできます。
  • リシーケンシング結果解析が豊富です。
  • 近縁種へのマッピング機能があります。
    • 変異箇所をすぐに同定できます。
  • 最新の要望を反映させるため、ソフトウェアは頻繁にUpdateされます。

 

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