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I01 RE01: ベクターへのインサートチェック用に最適な制限酵素を表示

プラスミドへのインサートチェック用に適した制限酵素を表示します。

また、そのゲル電気泳動をシミュレートします。


用意するデータ

  1. ベクター塩基配列ファイル
  2. インサート塩基配列ファイル
  • あるいは、PCRや制限酵素処理により任意の塩基配列ファイルから作成します。

使用するソフトウェア

  1. IMC Edition: 

操作概要

  1. IMCを起動します。
  2. ベクター塩基配列ファイルを読み込みます。
    • まず、ベクター配列の開環を行います。
  3. Cloning --> RE Recognitionを選択します。
  4. そのベクター上のMCS (Multi Cloning Site)にある認識部位をもつ制限酵素を選択します。
  5. Show Recognition Siteボタンをクリックします。
  6. その制限酵素の認識部位の数が表示されます(通常は1となります)。
  7. その制限酵素にチェックします。
    • 右側パネルに制限酵素部位の情報が表示されます。
  8. 部位にチェックします。
  9. Digestion ボタンをクリックします。
    • Digestion Listが表示されます。
  10. チェックを入れます。
  11. Loadボタンをクリックしてロードします。
  12. Recognition Siteウィンドウをクローズします。
    • 以上でベクターの開環は完了します。
    • 次にライゲーション反応を行います。
  13. インサート配列を読み込みます
    • (あるいはテンプレート配列をPCRする、
    • 任意の塩基配列を制限酵素消化切断するなどの方法もあります)。
  14. Cloning --> Ligationボタンをクリックします。
    • Ligationダイアログが表示されます。
  15. 開環されたベクター配列を1stに、インサート配列を2ndに選択します。
  16. Ligation ボタンをクリックします。
    • Ligation産物リストが表示されます。
  17. インサートチェックする産物にチェックします(複数指定可能)。
    • インサートチェックに最適な制限酵素のリストが表示されます。
  18. 選択して、GelElectrophoresisボタンをクリックします。
    • ゲル電気泳動のシミュレーションが表示されます。

関連機能

 

  1. ベクターを開環する
  2. ライゲーションを行う。