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GenomeTraveler の概要

GenomeTravelerは、IMCとMGGの中枢機能を統合した次世代シーケンサ配列解析用ソフトウェアです。

GenomeTravelerの特徴

  • Blastをベースとした多様なマッピング機能をもっています。
  • DeNovoアセンブル結果生成される多量の短いコンティグをペアドエンド配列でさらに長いScaffoldに結合します。
  • IMCをベースとした強力なゲノムブラウザ、アノテーション機能を持っています。
    • ゲノム全体をカバーする高密度なタイリングアレイプロファイル解析機能を有しています。
  • NGS配列はもちろん、従来のキャピラリーシーケンス配列や注釈付き塩基配列なども混在させてマッピングに含めることができます。
  • 独立性の高い解析結果の保存方法。次世代シーケンサデータ解析結果は膨大なデータ量となりますが、GTではルートディレクトリを複数設定可能であり、これらはリムーバブルディスク上に指定可能です。ルートディレクトリ以下に保管された情報は、ここで完結するため、ルートディレクトリ全体をコピーしたり、リムーバブルディスクを切り離したりすることで、別のコンピュータでそのデータをただちに閲覧することができます。

動作環境

  • Mac OSX 10.6, 10.7
  • Windows xp SP3, 7 SP1

GenomeTravelerの試用

  • GenomeTravelerは2週間の試用が可能です。

GenomeTravelerの操作画面構成

WindowsStructure

  • M: メインコントロールウィンドウ

  • A: プロジェクト・ゲノム登録ウィンドウ
  • B: GFFインポートウィンドウ
  • C: Sam/Bamインポートウィンドウ
  • D: フラグメントマッピングウィンドウ
  • E: ペアエンドマッピング
  • F: 実行結果リストウィンドウ
  • G: Scaffoldリストウィンドウ
  • H: マッピング結果アラインメントビューアウィンドウ
  • I: Scaffoldingアラインメントビューアウィンドウ

GenomeTravelerの機能

  • マッピング機能
  • Scaffolding機能
  • de novo Assembling機能
  • ゲノムレベルビューア機能
  • 比較表示機能
  • インポート機能
  • ユーティリティ
  • 変異解析機能
  • IMC機能の全機能が利用できます